肝脓肿诊断明确，应收住院根据其性质分别采取不同治疗。病情较轻的阿米巴肝脓肿可门诊服用甲硝唑或甲硝达唑0.4-0.8g。口服3/d，疗程5－10天，或静脉点滴1.5-2.0g/d。哺乳期妇女，妊娠3个月内孕妇及中枢神经系统疾病者禁用。氯喹：成人第一、二天1g/d，第三天以后0.5g/d，疗程2－3周。细菌性肝脓肿必须住院治疗。
细菌性肝脓肿是一种严重的疾病，必须早期诊断，早期治疗。
（一）全身支持疗法：给予充分营养，纠正水和电解质及酸碱平衡失调，必要时多次小量输血和血浆以增强机体抵抗力。
（二）抗生素治疗：应使用较大剂量。由于肝脓肿的致病菌以大肠杆菌和金黄色葡萄球菌最为常见，在未确定病原菌之前，可首选对此两种细菌有效的抗菌素，然后根据细菌培养和抗菌素敏感试验结果选用有效的抗菌素。
（三）手术治疗：对于较大的单个脓肿，应施行切开引流，病程长的慢性局限性厚壁脓肿，也可行肝叶切除或部分肝切除术。多发性小脓肿不宜行手术治疗，但对其中较大的脓肿，也可行切开引流。
（四）中医中药治疗：多与抗生素和手术治疗配合应用，以清热解毒为主。
病史及症状
不规则的脓毒性发热，尤以细菌性肝脓肿更显著。肝区持续性疼痛，随深呼吸及体位移动而增剧。由于脓肿所在部位不同可以产生相应的呼吸系统、腹部症状。常有腹泻病史。因此，应详细讯问既往病史，尤其发热、腹泻史，发病缓急、腹痛部位，伴随症状，诊治经过及疗效。
体检发现
肝脏多有肿大，（肝脏触痛与脓肿位置有关），多数在肋间承隙相当于脓肿处有局限性水肿及明显压痛。部份病人可出现黄疸。如有脓肿穿破至胸腔即出现脓胸，肺脓肿或穿破至腹腔发生腹膜炎。
阿米巴肝脓肿的发病与阿米巴结肠炎有密切关系，细菌性肝脓肿的是由于细菌侵入而引起，细菌经由各种途径感染肝脏，引起炎细胞浸润及肝组织坏死液化，即形成细菌性肝脓肿。细菌可以下列途径进入肝脏：①胆道：细菌沿着胆管上行，是引起细菌性肝脓肿的主要原因;②肝动脉：体内任何部位的化脓性病变，细菌可经肝动脉进入肝脏;③门静脉：已较少见。④肝外伤：特别是肝的贯通伤或闭合伤后肝内血肿的感染而形成脓肿。
1.血常规继血培养：白血球及中性粒细胞升高尤以细菌性肝脓肿明显可达20-30×109/L，阿米巴肝脓肿粪中偶可找到阿米巴包囊或滋养体，酶联免疫吸附(ELISA)测定血中抗阿米巴抗体，可帮助确定脓肿的性质，阳性率为85-95%。肝穿刺阿米巴肝脓肿可抽出巧克力色脓液;细菌性可抽出黄绿色或黄白色脓液，培养可获得致病菌。脓液应作AFP测定，以除外肝癌液化。卡松尼皮试可除外肝包虫病。
2.X线检查 可见右侧膈肌抬高，活动度受限，有时可见胸膜反应或积液。
3.B型超声波检查 对诊断及确定脓肿部位有较肯定的价值，早期脓肿液化不全时，需与肝癌鉴别。
4.CT检查 可见单个或多个园形或卵园形界限清楚、密度不均的低密区，内可见气泡。增强扫描脓腔密度无变化，腔壁有密度不规则增高的强化，称为"环月征"或"日晕征"。
主要需与肝癌肝囊肿等鉴别。