慢性化脓性骨髓炎的治疗，一般采用手术、药物的综合疗法，即改善全身情况，控制感染与手术处理。由于重病长期卧床，尤其在血源性急性发作后，极需改善全身情况。除用抗菌约物控制感染外，应增进营养，必要时输血，手术引流及其他治疗。
药物应用宜根据细菌培养及药物敏感试验，采用有效的抗菌药物。无明显死骨，症状只偶然发作，而局部无脓肿或窦道者，宜用药物治疗及热敷理疗，全身休息，一般一、二周后症状可消失，无需手术。
如有死骨、窦道及空洞、异物等，则除药物治疗外，应手术根治。
(一)病灶清除开放引流法。
(二)清除病灶、滴注引流法。
(三)消灭死腔的手术。
(四)病骨切除。
(五)截肢。
火器伤慢性化脓性骨髓炎的处理，要彻底清除病灶，用滴注引流法根治。
一、临床表现：
临床上进入慢性炎症期时，有局部肿胀，骨质增厚，表面粗糙，有压痛。如有窦道，伤口长期不愈，偶有小块死骨排出。有时伤口暂时愈合，但由于存在感染病灶，炎症扩散，可引起急性发作，有全身发冷发热，局部红肿，经切开引流，或自行穿破，或药物控制后，全身症状消失，局部炎症也逐渐消退，伤口愈合，如此反复发作。全身健康较差时，也易引起发作。由于炎症反复发作，多处窦道，对肢体功能影响较大，有肌肉萎缩;如发生病理骨折，可有肢体短缩或成角畸形;如发病接近关节，多有关节挛缩或僵硬。
二、诊断：
1.病史
注意发病原因及经过，有无碎骨片从窦道排出，有无创口反复破溃流脓史，了解最后一次发作的时间与病程及经过何种治疗。
2.体检
注意有无肢体畸形、关节挛缩及功能障碍。注意有无窦道及其数目、部位、分泌物性质、周围瘢痕情况，有无急性炎症等。
3.化验
创口分泌物应做涂片检查及细菌培养，并做抗生素敏感度测定。
4.X线检查
患区正侧位X线摄片，必要时可行CT或体层摄影，以明确死骨及空洞所在的部位。有窦道者，应行窦道造影，以了解窦道的方向、范围与深度。
形成慢性骨髓炎常见的原因如下：
（一）在急性期未能及时和适当治疗，有大量死骨形成。
（二）有死骨或弹片等异物和死腔的存在。
（三）局部广泛疤痕组织及窦道形成，循环不佳，利于细菌生长，而抗菌药物又不能达到。
本病的辅助检查主要是依靠X线检查，一般根据患者的临床表现和X线检查的结果可以确诊。
X线表现：X线照片可显示死骨及大量较致密的新骨形成，有时有空腔，如系战伤，可有弹片存在。布劳德氏脓肿X线照片显示长骨干骺端有园形稀疏区，脓肿周围骨质致密。加利氏骨髓炎骨质一般较粗大致密，无明显死骨，骨髓腔消失。
外伤后化脓性骨髓炎尤其要注意对感染的预防：
(一)外伤后早期应用抗生素
全身应用抗生素的主要目的是预防感染的扩散及败血症，而早期局部用药在防止伤口感染上有肯定的作用。有资料表明，二次世界大战中，袭击珍珠港的日本士兵，伤后感染率很低，原因就是及时地进行了清创术和局部应用了磺胺剂;越南战争中，有统计资料显示总的外伤感染率为40%，而伤后及时局部喷洒100mg土霉素的伤员中,感染率仅为17%。实验研究也表明在挫灭污染的创口内，伤后5分钟以上内应用了土霉素的，比4小时以至4小时以后才应用的预防感染的效果明显得多。因此，火器伤清创前，应尽可能早地局部应用抗生素。有人提倡用卡那霉素、庆大霉素、妥布霉素等氨基糖苷类抗生素等。
(二)清创术的注意点
应争取早期的彻底清创，如果早期应用了抗生素，24～48小时无明显的感染征象也应进行清创。已感染的伤口，则只宜引流，用简单的方法清除明显的异物及坏死组织等。手术时应考虑到火器伤的特点，不能只看到原发伤道，应扩大切口，充分切除原发伤道及周围的组织挫灭区。在可能的情况下尽量取出异物，骨折应尽可能复位。大的骨片不宜取出，骨折不宜作一期内固定，彻底止血，修复大的血管损伤，肌腱神经损伤可行二期修复，因为在野战条件下很难作到彻底清创，伤口一般不作一期缝合，可酌情进行延期一期缝合或二期缝合，延期一期缝合是在伤后4～7天，伤口无感染表现，局部未见肉芽组织增生前进行缝合。愈合无瘢痕，具有一期缝合的优点，也比较安全
还有主要是重视个人卫生，勤洗澡，防止皮肤疮疖的发生。
本病主要需与关节结核和其他非感染性关节炎鉴别，关节结核发病较缓慢，病程长，局部症状和功能障碍不如化脓明显，患病关节骨破坏常呈边缘性小缺损，且常上下对称，有较明显的骨疏松，关节间隙呈缓慢狭窄，骨增生不如化脓严重，晚期骨端可破坏严重，关节半脱位或全脱位，且很少发生骨性强直。
其他非感染性关节炎（如风湿性关节炎、类风湿性关节炎等）以成年人或青年人多见，也大都缺乏急性病程和严重的骨破坏，有关实验室检查可协助鉴别，关节内穿刺抽液检查，可快速作出正确诊断。
慢性化脓性骨髓炎的并发症包括全身性并发症和局部并发症。
一、全身并发症
（1）贫血、低蛋白血症 慢性化脓性骨髓炎病程迁延，长期反复急性发作，低热和窦道内脓性分泌物的排出，对全身将产生慢性消耗性损害，贫血和低蛋白血症是慢性化脓性骨髓炎的常见并发症，这些并发症的存在，进不步降低了全身及局部的抗病能力，对慢性化脓性骨髓炎的治疗更增添了不利因素，从而形成恶性循环。因此，在慢性化脓性骨髓炎的治疗中纠正贫血及治疗低蛋白症甚为重要。
(2)全身性淀粉样变 淀粉样变是病理学上组织变性的一种，分全身性与局限性两种，全身性淀粉样变并发于象慢性化脓性骨髓炎这样的长期反复化脓性炎症，病理学表现为全身脏器的细胞间隙，血管基底膜上淀粉样物质的沉积，沉积物实际上是一种蛋白类物质，但具有遇碘变蓝的性质，病变的脏器常发生严重的功能损害，幸运的是，该病在我国罕见。
二、局部并发症
(1)病理骨折 当骨的破坏严重且广泛，而骨包壳尚未形成，或者骨包壳不牢固时，在外力作用下，即便是比较轻微的外力，也可造成骨折——即病理骨折。因此，在此期间患肢应予以制动，用石膏固定或牵引治疗，以预防病理骨折的发生，待骨包壳完全形成且牢固以后，可拆除固定。
(2)骨不连 病理骨折发生后未进行及时正确的治疗，可发生骨不连。另外，在骨包壳尚未完全形成之前进行手术治疗，摘除大块死骨，亦可造成骨缺损或骨不连，由于局部血循环差，病骨的破坏仍在继续进行，这种骨折愈合十分困难，日久将形成假关节，使整个治疗更加复杂和困难。假关节分两种，一种为接触型，另一种为大块骨缺损型，后者治疗更为困难。
(3)化脓性关节炎 干骺端化脓性骨髓炎，脓肿可通过两个途径进入关节腔合并化脓性关节炎，一是通过骺板血管交通支，脓肿穿破关节软骨直接进入关节，形成化脓性关节炎，这种情况多见于婴幼儿及成人化脓性骨髓炎，另一种情况是干骺端位于关节囊内时（如股骨颈位于髋关节囊内），则脓肿可穿破干骺断骨皮质而进入关节，关节内脓液破坏关节软骨，侵犯软骨下骨质，严重影响关节功能，甚至完全强直。
(4)脊髓或马尾神经受压 化脓性脊椎炎尤其是椎弓、椎板破坏后，脓肿、坏死组织及新生的纤维组织可压迫脊髓或马尾神经引起截瘫或神经根受压，这种情况多见于颈段及胸段脊椎，感染亦可波及蛛网膜引起蛛网膜炎。
(5)恶性变 慢性化脓性骨髓炎发生恶变多见于病程长者，常见于病程在10年以上的中老年男性患者。